TITRE    DYNAMIQUE MOLECULAIRE DE LA PETITE MOLECULE AU BIOPOLYMERE : UNE PORPHYRINE    MODELE DU SITE ACTIF DES HEMOPROTEINES ET UNE CALCIPROTEINE, LA NEREIS    DIVERSICOLOR SARCOPLASMIC CALCIUM BINDING PROTEIN.
    TITLE    MOLECULAR DYNAMICS FROM THE MEDIUM SIZED MOLECULE TO BIOPOLYMER : A    PORPHYRIN MODEL OF THE ACTIVE SITE OF HEMOPROTEINS, AND A CALCIUM-BINDING    PROTEIN, THE NEREIS DIVERSICOLOR SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN.
    AUTEUR    Razvan POPESCU
    UNIVERSITE    Université Pierre et marie Curie (Paris 6)
    DATE    20 décembre 2004
    LABORATOIRE    Institut Curie, Biophysique Moléculaire
    DIRECTION DE THESE    Daniel LAVALETTE
    PARRAINAGE    Daniel LAVALETTE
RESUME :
La dynamique interne de deux molécules de tailles différentes est présentée. Il s’agit d’une porphyrine modèle du site actif des hémoprotéines (la BHP, 133 atomes) et une calciprotéine, la Nereis diversicolor Sarcoplasmic calcium-binding protein (la NSCP, 2689 atomes).
A partir des vitesses de relaxation observées par RMN, la dynamique interne est caractérisée par l’intermédiaire des paramètres d’ordre (S2, te) obtenus par des approches de type Lipari-Szabo où Clore-Szabo. La DM permet dans un premier temps d’accéder au même type d’information que la RMN comme étape de validation, et ensuite de pousser plus loin l’analyse des mouvements internes. Dans le cas de la BHP, la DM a identifié et décrit les mouvements à l’origine des processus dynamiques décrits par les paramètres d’ordre issus de la RMN et d’expliquer des données cinétiques. Dans le cas de la NSCP, elle permet de compléter les paramètres d’ordre RMN et d’offrir une description du processus de dépliement en absence de Ca2+.
ABSTRACT:
The internal dynamics of two different sized molecules is presented. A porphyrin model of the active site of heme proteins (BHP, 133 atoms), and a calcium binding protein, the Nereis diversicolor calcium-binding protein (NSCP, 2689 atoms). Starting from the relaxation rates obtained by NMR, the internal dynamics is characterized using order parameters (S2, te) obtains through Lipari-Szamo/Clore-Szabo approaches. The MD firstly provides the same kind of description of the internal dynamics using order parameters. Once validated, further analysis of the internal dynamics is completed. In the case of the BHP, the MD identified and described the motions behind the dynamic processes observed through NMR provided order parameters, and explained previous kinetic data. The MD on NSCP permitted to obtain 41 supplementary S2 values, offer also a description of the beginning of the unfolding process of the apo form.